Історично основною функцією піратських прапорів була повна система сигналів стримування та нападу. Переслідуючи здобич, пірати зазвичай піднімали білий прапор, щоб ідентифікувати себе; якщо ціль відмовлялася здатися, чорно-білий прапор із черепом і схрещеними кістками піднімався як останнє попередження; якщо здобич продовжуватиме опір, буде піднятий червоний прапор, щоб оголосити бійню без милосердя. Записи показують, що чорний піратський прапор міг означати залишення здобичі, тоді як червоний піратський прапор означав безжалісність.
У наш час деякі західні військово-морські сили піднімають піратські прапори, коли їхні кораблі вперше перетинають екватор, як традиційну «витівку» або ритуал. У масовій культурі Веселий Роджер, як знаковий символ піратів, був пройнятий духом бунтарства та новаторства. Наприклад, у 1983 році команда Apple Macintosh вивісила саморобний піратський прапор із зображенням білого черепа та схрещених кісток, схрещених ніг і барвистого логотипу Apple, що символізує «піратський дух» і інноваційну бунтарську культуру.
